Antes de abrigar os primeiros prédios históricos do Instituto Soroterápico Federal, embrião da Fiocruz, Manguinhos foi habitado povos indígenas tupinambás, no início do século 16; configurou-se em área de produção de açúcar, milho e café no final do século 18, e local de incineração do lixo urbano da cidade do Rio de Janeiro, solução moderna para lidar com essa questão, no século 19, até passar a ser o centro de produção de soros e vacinas no início do século 20.
O primeiro edifício do conjunto arquitetônico histórico de Manguinhos a ser construído foi o Pavilhão da Peste (ou do Relógio), em 1904. Tombada pelo Instituto do Patrimônio Artístico e Arquitetônico (Iphan), ao lado do Castelo da Fiocruz (Pavilhão Mourisco) e a Cavalariça, esses prédios seguem o estilo eclético, do qual também fazem parte o Quinino, a Casa de Chá e seu anexo, e outras edificações mais afastadas: Hospital Evandro Chagas, Pombal e o Pavilhão Vacínico, atual Casa Amarela. Completam o conjunto áreas verdes, como a Praça Pasteur, e o Caminho Oswaldo Cruz.
Ao Núcleo Histórico, agregaram-se outras edificações em estilo modernista para absorver as atividades em expansão, a partir de 1940: o Pavilhão Arthur Neiva (Pavilhão dos Cursos), projetado por Jorge Alfredo Guimarães para atender à área de ensino, que inclui jardim e mural de autoria do paisagista Roberto Burle Marx; a Portaria da Avenida Brasil, projeto de Nabor Foster, e o Pavilhão da Febre Amarela (Henrique Aragão), de Roberto Nadalutti.
Durante a construção do Centro de Documentação e História da Saúde (CDHS), aconteceu uma grata surpresa: a descoberta da estrutura dos fornos de incineração de lixo do século 19. Agora, esse achado arqueológico compõe uma exposição permanente, que faz parte do roteiro de visitação do Museu da Vida Fiocruz. A mostra também inclui artefatos, como ossos e vidraria de laboratório e objetos de vidraria laboratorial, que fazem parte do patrimônio da Fiocruz.
