À Diretoria da Casa de Oswaldo Cruz estão vinculados o Conselho Consultivo Externo, Órgãos Colegiados (Assembleia Geral, Conselho Deliberativo, Conselho Técnico-Científico, Câmaras Técnicas e Fórum de Gestão), Assistência Técnica de Comunicação, a Assistência Técnica de Cooperação e a Secretaria Executiva.
A instituição possui um Núcleo Operacional constituído pelos departamentos de Pesquisa em História das Ciências e da Saúde (Depes); de Patrimônio Histórico (DPH); de Arquivo e Documentação (DAD); Museu da Vida e de Administração. Cada departamento tem um chefe eleito pelos seus membros por meio do voto secreto para um mandato de dois anos.
O Departamento de Pesquisa em História das Ciências e da Saúde (DEPES) realiza análises sobre temas relativos à institucionalização das ciências e da saúde no Brasil, bem como às práticas, à produção de conhecimentos e às políticas públicas que conformaram o campo, desde o período colonial até a contemporaneidade. A vasta produção decorrente de suas atividades constitui importante referência para a área no país, com reconhecimento internacional.
O Departamento de Patrimônio Histórico (DPH) coordena as ações de gestão, preservação e valorização do conjunto arquitetônico histórico da Fiocruz. Desenvolve pesquisas relacionadas aos campi da instituição no Rio de Janeiro, suas correlações com a história da arquitetura, do urbanismo e da saúde pública no Brasil, e aos estudos sobre conservação preventiva e análises de risco para o patrimônio cultural e científico.
O Departamento de Arquivo e Documentação (DAD) é responsável pela guarda do mais expressivo acervo sobre processos políticos, sociais e culturais da saúde do Brasil. Identifica, recolhe, reúne, preserva, organiza, dá acesso e dissemina o patrimônio arquivístico permanente da Fiocruz, assim como os arquivos institucionais e pessoais de interesse para a história das ciências e da saúde.
O Museu da Vida é o departamento que realiza ações de educação, comunicação, preservação de acervos, divulgação e popularização das ciências e da saúde. Oferece exposições de longa duração e itinerantes, áreas de visitação ao ar livre, espetáculos teatrais e ações de formação para professores e jovens dentro e fora do campus da Fiocruz. No ambiente digital, atua com produção de conteúdo para o site de ciências InVivo e redes sociais.
